150 meter under havsytan glider väldens mest kraftfulla kärnvapenubåt USS Colorado genom mörkret. Genom en kommunikationskanal som endast ska användas om USA har blivit utplånat får besättningen en ödesdiger order – de ska avfyra en kärnvapenmissil mot Pakistan. Kaptenen Marcus Chaplin (Andre Braugher) ifrågasätter ordern och blir omedelbart fråntagen befälet över ubåten. Andrebefäl Sam Kendal (Scott Speedman) gör samma sak, vilket resulterar i att USS Colorado attackeras av den egna flottan. Ubåten och dess besättning klassas nu som USAs fiender, och Marcus och Sam styr USS Colorado mot den exotiska men farliga ön Sainte Marina.